這篇我是寫好玩的，要有唸過分子生物學的人才會懂。 XD
這學期起開始迷上古典樂（其實是一直都很迷）。
不過最近也在念分生，考完 DNA replication 後我忽然有個想法整理出來。
古典樂裡有所謂作曲者風格，從音樂家的作品中可以聽出來，像許多 signal transduction 之中會出現許多 tag ，或是某些 gene family 都有他們的 consensus sequence，以後和 protein 發生 interaction 時就會用到這些 motif。 舉例來說，像拉赫曼尼諾夫的鋼琴曲有個風格就是技巧很難，你很難想像一個人沒事幹嘛寫這種東西出來；而柴可夫斯基的作品則充滿幻想氣氛，有時候也帶點憂鬱（據說柴可夫斯基是 gay ，一直壓抑在心中沒有表達，直到後來東窗事發被逼上絕路），並且也有些作品極盡衝撞與華麗之能事；巴哈的作品總是給人穩重的感覺；莫札特的作品讓人感覺他的生活和人生觀從來沒有什麼憂慮（儘管他事實上窮得要死，不能穩定支持自己和老婆的三餐，最後也是窮到沒錢就醫，而拖到慢性肺氣腫死亡）。
結構生物也都可以用來解釋古典音樂，最典型的奏鳴曲，呈示部、發展部、再現部；有點像 DNA pol III，有三個部份：core、τ subunit、還有 γ complex。
（分生課本上抓下來的 DNA polimerase III 結構）
（google 上找到的 DNA replication comlex）
呈示部就像 core 展示主要功能（DNA sunthesis），它呈現出主旋律。
τ subunit 就像發展部，自己除了有 dimerization 的功能（for dsDNA replication ）外，還將 core 和 γ complex 橋接起來。
γ complex 可以提高 core 的 processivity（沒有其他 subunit 幫助的話，core 只做 10nt 就會從 DNA template 上面跌下來），讓整首曲子可以延長下去，奏鳴曲的再現部，除了讓三個樂章完整以外，也會被加入第一樂章呈示部的一些旋律。
再來講到格式吧，以協奏曲為例，一定有某一個樂器主導著整個音樂的進行，像韋瓦第的四季，就是小提琴奏鳴曲，小提琴的功力要很強，有點像 protein complex 中，某個 subunit 會具有某種活性，而這種活性才是這種 protein complex 被命名的原因，像是 replisome，就是因為它組合起來可以參與 DNA replication 一樣。
有一些則是交響曲，各種樂器組合起來，不一定會出現誰是主導的樂器，各種樂器合作起來，不競爭不出頭，才能呈現出整首曲子。像 homologous recombination 中，DNA 發生 cross over 的過程會產生十字型的 Holliday junction ，而當然不可能讓 Holliday junction 維持在細胞裡面不被解開成為兩條 dsDNA，此時需要做 Holliday juction resolution 的動作，讓這個十字型的 junction 能夠順利解開，在 resolution 以前要先經過 branch migration。重點來了，branch migration 要用到兩種 protein：RuvA 和 RuvB，RuvA 在 dsDNA 會形成 octamer，bind 在 Holliday junction 上面，RuvB 則有 helicase / ATPase 活性，幫助解螺旋兼 branch migration。 RuvA 和 RuvB 結合起來，branch migration 才會達到最好的效率。RuvA 和 RuvB 結合引發 branch migration 到一個程度時，就該進行 resolution，此時要用到 RuvC ，RuvC 會在 Holliday junction 中形成 etramer，並且取代 Holliday junction 上面一半 RuvA octamer 的位置，然後對某一段 consensus sequence 進行切割，才把這十字型的 junction 給解開，但是 RuvA、RuvB、RuvC 之間要有 cross-link 才能做成這件事，缺一不可，跟交響樂團的組成很像。
(from google)
在研究 protein 或是 enzyme complex 時，常會用 isotope labeling 搭配 Gel filtration 的方法進行，比如要調查某種和 DNA 有 association 的 protein 是哪個 subunit 去和 DNA 發生 association，就把 35P-labeled DNA 和 protein 反應以後，把 protein 拆了拿去跑 gel filtration，隨著時間進行，洗出不同大小的產物，也偵測到不同的 peak，例如發現 35kD 的某個 subunit 放射訊號特強，或是這個 complex 和 DNA 有 association 的subunit 不只一種，可能有三個明顯的 peak 吧，就有點像某些標題音樂，會特別加強某種樂器或旋律在某段的表現，像海頓的驚愕交響曲，故意把某些段落用 ff 極強音來表現，來嚇醒那些打瞌睡的聽眾，就是給了一個很強的訊號 ，而這些「訊號」構成的 pattern 也正是這首音樂的特色，一聽就曉得是哪位作曲家的哪一首，甚至是哪一樂章哪一段。
(from google & 分生課本)
一切的實驗數據都要眼見為憑，有時候單憑化學動力學或生化的實驗，不能直接證明某種蛋白質和 DNA 有 association ，或是不能直接證實某種細胞膜上的成分，像是 channel protein 長什麼樣子（用 NMR 或 X-ray 去看只能模擬出 model），或是細胞膜上的 glycoprotein 分布情況為何，最絕的方法就是用電子顯微鏡去看，然後拍照提出論文，夠狠吧！電子顯微鏡什麼都可以看，任何倍數都可以調，同樣的，如果沒有辦法弄來一把小提琴或是請來管弦樂團，或者你不會彈吉他，最好的方法就是搞一台功能夠強的 KEYBOARD，什麼音色都做得出來，只是彈 KEYBOARD 的人功力要夠強就是了。
(from google)
突變的效應對於生物，絕大部分都是不好的，同樣的，拉小提琴拉到一半斷絃，或是彈鋼琴彈錯音，你就知道你把整首曲子毀了。
ＸＤＸＤＸＤＸＤＤＤ
如果再修飾一下乾脆拿去投系刊算了 XD
這學期起開始迷上古典樂（其實是一直都很迷）。
不過最近也在念分生，考完 DNA replication 後我忽然有個想法整理出來。
古典樂裡有所謂作曲者風格，從音樂家的作品中可以聽出來，像許多 signal transduction 之中會出現許多 tag ，或是某些 gene family 都有他們的 consensus sequence，以後和 protein 發生 interaction 時就會用到這些 motif。 舉例來說，像拉赫曼尼諾夫的鋼琴曲有個風格就是技巧很難，你很難想像一個人沒事幹嘛寫這種東西出來；而柴可夫斯基的作品則充滿幻想氣氛，有時候也帶點憂鬱（據說柴可夫斯基是 gay ，一直壓抑在心中沒有表達，直到後來東窗事發被逼上絕路），並且也有些作品極盡衝撞與華麗之能事；巴哈的作品總是給人穩重的感覺；莫札特的作品讓人感覺他的生活和人生觀從來沒有什麼憂慮（儘管他事實上窮得要死，不能穩定支持自己和老婆的三餐，最後也是窮到沒錢就醫，而拖到慢性肺氣腫死亡）。
結構生物也都可以用來解釋古典音樂，最典型的奏鳴曲，呈示部、發展部、再現部；有點像 DNA pol III，有三個部份：core、τ subunit、還有 γ complex。
（分生課本上抓下來的 DNA polimerase III 結構） （google 上找到的 DNA replication comlex）呈示部就像 core 展示主要功能（DNA sunthesis），它呈現出主旋律。
τ subunit 就像發展部，自己除了有 dimerization 的功能（for dsDNA replication ）外，還將 core 和 γ complex 橋接起來。
γ complex 可以提高 core 的 processivity（沒有其他 subunit 幫助的話，core 只做 10nt 就會從 DNA template 上面跌下來），讓整首曲子可以延長下去，奏鳴曲的再現部，除了讓三個樂章完整以外，也會被加入第一樂章呈示部的一些旋律。
再來講到格式吧，以協奏曲為例，一定有某一個樂器主導著整個音樂的進行，像韋瓦第的四季，就是小提琴奏鳴曲，小提琴的功力要很強，有點像 protein complex 中，某個 subunit 會具有某種活性，而這種活性才是這種 protein complex 被命名的原因，像是 replisome，就是因為它組合起來可以參與 DNA replication 一樣。
有一些則是交響曲，各種樂器組合起來，不一定會出現誰是主導的樂器，各種樂器合作起來，不競爭不出頭，才能呈現出整首曲子。像 homologous recombination 中，DNA 發生 cross over 的過程會產生十字型的 Holliday junction ，而當然不可能讓 Holliday junction 維持在細胞裡面不被解開成為兩條 dsDNA，此時需要做 Holliday juction resolution 的動作，讓這個十字型的 junction 能夠順利解開，在 resolution 以前要先經過 branch migration。重點來了，branch migration 要用到兩種 protein：RuvA 和 RuvB，RuvA 在 dsDNA 會形成 octamer，bind 在 Holliday junction 上面，RuvB 則有 helicase / ATPase 活性，幫助解螺旋兼 branch migration。 RuvA 和 RuvB 結合起來，branch migration 才會達到最好的效率。RuvA 和 RuvB 結合引發 branch migration 到一個程度時，就該進行 resolution，此時要用到 RuvC ，RuvC 會在 Holliday junction 中形成 etramer，並且取代 Holliday junction 上面一半 RuvA octamer 的位置，然後對某一段 consensus sequence 進行切割，才把這十字型的 junction 給解開，但是 RuvA、RuvB、RuvC 之間要有 cross-link 才能做成這件事，缺一不可，跟交響樂團的組成很像。
(from google)在研究 protein 或是 enzyme complex 時，常會用 isotope labeling 搭配 Gel filtration 的方法進行，比如要調查某種和 DNA 有 association 的 protein 是哪個 subunit 去和 DNA 發生 association，就把 35P-labeled DNA 和 protein 反應以後，把 protein 拆了拿去跑 gel filtration，隨著時間進行，洗出不同大小的產物，也偵測到不同的 peak，例如發現 35kD 的某個 subunit 放射訊號特強，或是這個 complex 和 DNA 有 association 的subunit 不只一種，可能有三個明顯的 peak 吧，就有點像某些標題音樂，會特別加強某種樂器或旋律在某段的表現，像海頓的驚愕交響曲，故意把某些段落用 ff 極強音來表現，來嚇醒那些打瞌睡的聽眾，就是給了一個很強的訊號 ，而這些「訊號」構成的 pattern 也正是這首音樂的特色，一聽就曉得是哪位作曲家的哪一首，甚至是哪一樂章哪一段。
(from google & 分生課本)一切的實驗數據都要眼見為憑，有時候單憑化學動力學或生化的實驗，不能直接證明某種蛋白質和 DNA 有 association ，或是不能直接證實某種細胞膜上的成分，像是 channel protein 長什麼樣子（用 NMR 或 X-ray 去看只能模擬出 model），或是細胞膜上的 glycoprotein 分布情況為何，最絕的方法就是用電子顯微鏡去看，然後拍照提出論文，夠狠吧！電子顯微鏡什麼都可以看，任何倍數都可以調，同樣的，如果沒有辦法弄來一把小提琴或是請來管弦樂團，或者你不會彈吉他，最好的方法就是搞一台功能夠強的 KEYBOARD，什麼音色都做得出來，只是彈 KEYBOARD 的人功力要夠強就是了。
(from google)突變的效應對於生物，絕大部分都是不好的，同樣的，拉小提琴拉到一半斷絃，或是彈鋼琴彈錯音，你就知道你把整首曲子毀了。
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我在動物園 (3)