goodfish

　　先前生態 paper 上的統計問題，這禮拜拿去問了生統老師，結果果然跟我想的一樣，作者附上那個統計值是用來嚇人用的。
　　老師說既然是 survival analysis ，其實可以很單純的把比例提供出來就可以了，沒必要用到什麼 odds ratio 看起來很高深一樣，還有最過分的是，作者只提供結果，不提供參數，所以 odds ratio 的成果是他們說了算，我們只能忠心耿耿，paper 上有多少證據就講多少話，如果被問的話，責任應該要由作者來負。還有 chi-square 也不適合這種小樣本檢定（但作者卻用了）。
　　所以我也想在這裡偷罵這些作者。 = =
　　這很明顯是「選擇性呈現 data 」，講好聽點叫做想避免不必要的統計分爭，所以只提結果不提參數。確實，因為 sample size 很少（只有18），作者自己也在後面的 Discussion 說解析成果的時候，配合統計的理論是要很小心的。我的看法，講白點就是實驗不夠完美，只好提對自己有利的成果，報喜不報憂。
　　沒有去翻過統計的書，真的是會被作者誤導。沒有給參數，在說服上是不夠完美的。因為作者是很有名的學校的老師（加州大學戴維斯分校，以及加州大學動物行為研究中心），想說要不要寄信去跟他們要參數，以及討論。陳俊堯老師聽了以後苦笑兩聲，建議不要：

　　十二月初要報 seminar ，這兩個禮拜都在為了一篇 paper 神魂顛倒......
　　一切都要從這學期初說起。期初時，陳俊堯老師帶領對生態學有興趣的學生，不限年級，組了一個 Ecology Journal Club，每週四中午一次聚會，進入的人被要求挑選一篇有關生態學的 paper ，比照 seminar 報給大家聽，整個 Club 大約有十人上下。由於才剛從動物園實習回來，很喜歡動物之餘，也希望能夠有機會報報有關動物學或生態學的 seminar （在這個系上，生態學一直是不被注意，甚至是被刻意忽略的，很多老師只會分生，對生態的學問幾乎無法招架，我們下一屆學弟妹的 seminar ，還被規定選 paper 只能選分生、生化、生理、微生物這四個領域，我個人認為這很過分），於是就加入這個 Jounal Club 了。就當作是複習一下動物學知識，還有重溫台北動物園 seminar 的情境。
　　十月開始找 paper ，本來想找我最熟悉的小貓熊的（謎之聲：你真是對小貓熊有夠死忠耶）paper 來報，但是上網站一搜尋，目前對小貓熊生態的 paper ，不是年代太久遠，就是夠新但我目前還看不懂的分子生態。等了一個月還等不到分子生態以外的新 paper ，只好放棄。對哺乳動物，尤其是行為方面比較熟，但是針對哺乳動物行為的 paper 還是不夠多，繼續搜尋關鍵字，最後才挑到一篇有關草原土撥鼠（prairie dog）的 paper，內容也跟我在動物園學到的東西很有相關。
　
　　花了四五天把 paper 讀熟畫線，再花四五天來做 powerpoint ，做 powerpoint 時才發現，paper 裡面有很多東西，是把許許多多的生態學知識整合在一起解釋，雖然對於生態學有一定接觸的人可以很快了解，但對於接觸不多或沒接觸過的人，這樣一來要解釋好久（這才體會到為什麼我遇到分生或細生的 paper 就投降，而有些學弟妹或學長姊卻讀得頗有心得）。實驗和知識都是活的，這篇 paper 裡面出現的動物就有草原土撥鼠、黑腳貂、郊狼、紅尾隼、草原響尾蛇、棉尾兔，上網找了好多動物的圖來解釋生態的現象，真是一大挑戰：要找拍得漂亮的，動作和環境又要能符合圖說。
　  
　　做動畫、挑照片、把 paper 裡的內文換句話說、打上 powerpoint 、檢查一下統計量確定沒錯（還好上學期花了很大力氣把生統修過了，這次看 paper 就很能看懂），這些花了點時間是還好，但在我做到最後一個 results 那邊時，我看到它的內文我傻了，不清不楚就看到一個字：OR，搞不懂什麼是 OR，上網查才知道是 odds ratio ，還是對這個字沒有感覺，趕快去翻了手邊三本生統課本來瞧瞧，原來是在機率和貝氏定理那邊的東西，仔細看看才大概回想起來它是什麼。
　　可是 paper 說它們的 OR 是透過 multiple logistic regression 來解釋的，看到 multiple logistic regression ，想想 regression 我學過，但學的是 linear regression ，趕快再回去翻統計課本，一看我傻了：原來 logistic regression 在我們的課本裡被放在倒數第二章，等於在一般生統中它是很後面的東西，我學過的 simple linear regression 已經夠後面了，還在它前面三章。
　　 
　
　
　
　
　　趁上禮拜才考完期中考，這週比較閒，上台北上課的這幾天把生統課本帶上去，要來弄清楚，直到回花蓮前才「大致」看懂為什麼會有人用 logistic regression 。昨天是禮拜天，花了一整個晚上「動手」拿筆算，才把 logistic regression 和 odds ratio 之間的關係再弄懂「一點」。但是等我再把 paper 的那一頁翻出來，我又傻了第三次，作者只給了結果，卻沒有把參考數據和 regression 的統計圖呈現出來。
　　由於 powerpoint 進度已經做到 95% ，為了一個沒學過的統計就卡了一個禮拜，現在看起來懂了原理，卻又不懂作者呈現結果的依據何在（seminar 講解要有憑有據，不然會被電，何況我猜全部的人也跟我一樣沒學過 logistic regression ，如果這部分講不清楚是會被罵的），這禮拜準備要拿 paper 找人求救了。
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　　不過我很喜歡這種為了要了解某種學問，而去尋找知識的過程。這才是真的有學到東西。比起念書的這些年，老是為了考試而念書的痛苦感覺，要紮實很多。當年大三魚類生物學一次上台報告，那只是 presentation ，不是正式的 seminar ，挑了北美狗魚（muskellunge）的獵食習性當我的題目，卻額外找了三篇 paper 研究北美狗魚的運動肌肉和神經控制來念，不僅是增加報告的豐富程度，那三篇 paper 提供的東西我現在還記得；在台北動物園實習期間也是，因為對動物營養不熟悉，還跑去國家書館查資料，查到以後豁然貫通，很滿足的寫進書面報告。以前上分細生時也聽陳紀雄老師講過，提出 two-hit hypothesis（描述家族性癌症發生的理論）的學者 Alfred Knudson，本來是小兒科醫生，在臨床上遇到很多沒幾歲就罹患 retinoblastoma 的小朋友（這種病很慘），決心要好好了解這種疾病，還有其它類似家族性癌症的一切，於是向自己服務的醫院申請留職停薪，一個人跑去加州理工學院，結果居然用兩年時間就拿了一個統計學博士的學位回來，統計、生物、醫學交相對照，長時間研究下來的心得，才提出 two-hit hypothesis，現在是廣為人所接受的，可能還是最有名的癌症發展理論之一，幾乎是研究癌症的人必備的常識。
　　一直都很喜歡這種主動的動作，不喜歡考試前累個半死，考完後卻忘了大半的學習狀況。但是這次念生統的經驗，總覺得自己是先有了生統過關的基礎，才能看懂 odds ratio 和 logistic regression 的，先前辛苦的考試，那種痛苦的練習，確也幫到了忙，不然我真的沒辦法看得懂。不曉得這回到底是考試造就了學問得著，還是主動的動力造就了學問得著？

　　剛考完這學期最後一科的分細生期末考，這次考的範圍有組織學、癌症生物學、還有免疫分生。　　癌症生物學的部份是陳紀雄老師教的。講到癌症生物學那門課，真的是要「歐樂」（台語讚美之意）一下陳紀雄老師。
　　按照慣例，這回我們還是組了讀書會，三個人負責三個老師的範圍，我負責的就是陳紀雄老師的範圍。
　　陳紀雄老師上課，有很多人抱怨聽不懂他的口音，因為他最擅長的語言是英文，第二擅長的是台語，再來才是中文、法文、德文之類。因此口音夾雜各方腔調，英文聽力不好的學生上課會覺得比較吃力，聽不懂台語的人又無法理解他上課隨機帶出的笑話。
　　癌症的發生，以上皮細胞衍生（Epithelial cell-derived）的癌症種類最多，發生率也最高，除了跟年齡增大，細胞修補能力下降有關之外，絕大部分是因為這些細胞最容易接觸到致癌物（carcinogen）。在華人圈子裡面就有一些生活習慣上的印證。陳教授是這麼描述的：

　　看到學妹在她的 blog 上寫了一篇有關對於老師上課控制時間的怨念，實在是太有共鳴了！
　　學妹抱怨的是老師平時要求我們 seminar 時的高標準，要字字珠璣，不能廢話太多卻切不到重點，表達能力什麼，要把台下的人當作都完全不懂的聽眾，可是少數一些老師們上課時卻不是這麼一回事，有的閒話一堆，有的說跳過跳過不重要不重要，到了後來根本沒聽出什麼重點，那有什麼立場來要求學生？今天是上課，如果是 seminar，她一定把那個在台上教書的當掉！
　　這我實在是不能同意太多了！念了這麼多年，辛苦這麼多年，還重修了不少，對於某些課程的一些老師我實在是討厭到不行，每個教學單位都有，上課表達不清，諸如：
　　「好這個 pathway 的過程就是這樣子......這張跳過......」
　　「好今天這個 enzyme 去 activation 這個 transcription........好這個 transcription ，然後這個 protein A 會去 phosphorylation 這個 protein B......這個就會跑到這裡來，會和這個一起有 interaction......」　（美國留學回來的，英文文法錯誤一堆，我聽得很傷耳朵，還有這個那個的，請問是哪一個？）

　　我醒了，自然醒......
　　這已經是這個禮拜第三次，我並不是太早睡的人，但就是會在四點多自動醒來（有一次還兩點多），然後再也睡不著。
　　多半是因為即將到來的細生的考試，我很希望能夠把考試的內容弄熟，特別是這次考試範圍所負責的老師，三個有兩個教學表達不清楚，但又：
　　1. 喜歡出「大」題目。
　　2. 改考卷標準很嚴。

　　其實這篇的 title 應該要把兩個主詞的位置交換，改成「四季與分生的悸動」，但是因為分生對我而言是比較現實的東西（準備考試總得念嘛），所以只好把它擺在前面........

　　今天早上四點五十就醒了，因為昨晚和 Weaver 那本分生課本（我們戲稱為電泳圖寫真集，因為很難，講得全是奠基於實驗的理論，書裡頭一堆電泳或是放射顯影圖）相處得不愉快，很不順利，半恍神的狀態下迷迷糊糊睡著了。結果在早上四點五十，天都還沒亮的時候醒來。書還是在我面前，實驗設計邏輯很聰明，但卻很討人厭的電泳圖仍然未解決，心情仍然不好。
　 
　

　　這是學弟在他們班板上寫的，寫得有點誇張，但是辛苦程度已經八九不離十了，我們系上三年級下學期的生活就是這樣子........

　
　　生態、微生物、分生，三大必修；實驗方法與設計，必選修；其他則是系上選修或是通識課程。通常，生態、微生物、分生的期中考會在某一時間一起出現，因為有的考四次、有的考三次、有的可以考到五六次，在我們系上大二和大三的課程，基本上是沒有所謂期中考週的。

　　我弄懂 Box-plot 了！
　　上禮拜生統玩到 box-plot，以前它曾經是我的夢靨，因為根本不知道它的統計意義在哪裡。也許是 paper 看得比大一大二時多了吧，現在對統計比較有 sense，許多的統計值不再是奇怪的希臘文，也不再是奇怪的公式所堆砌出來。因為上禮拜還是沒聽懂 bos-plot 在幹嘛，回家以後上網（wiki, google）找了一堆資料來看（嗯....題外話，就我找得到的網頁中，雖然我不懂法文，德文又不到那程度，但是我發現法國人和德國人畫的圖比英語系網站要精美得多）。
　　 　
　　還是沒完全弄懂。 orz

    *Sigh*......
   After seeing the pictures of our comparative anatomy experiment, the Tilapia skeleton, the turtle, and the rat. I just felt a feeling of discontentment.   Certainly, building up an animal's skeleton is not an easy thing. I always remember how tired we were, spending all the night, picking up the tiny bones with the forceps and our weary eyes. A group of students (silly people) gathered together and cooperated, like goodfish, crazydog and high were in charge of checking for the atlas of different animals, cell and Rance supplied the glues and boxes, while papadark and Amadeus went to the city and bought everybody cold drinks. It was just a memorable and adorable time we had. Finally we completed our hard work, seeing a fish, a turtle, and a rat standing or lying in front of us.   It is one of the best time I had in my college life, a great mission I devoted myself to accomplish. Devoting oneself doing a work is always worth of it, an eternal glory. Constructing animal skeletons well is hard, studying some subjects like molecular biology and organic chemistry is hard, too. But most of the times in recent 2 years, I felt I am BURNING myself rather than devoting myself doing these works... ~.~  They were killing me.
照片出處：http://www.pixnet.net/album/snapfish/1026268
　　比解實驗是我們大二的課程，為了配合比較解剖學而開出的實驗課程。當任課的陳俊堯老師說我們將要再一次拼骨頭時，全班人馬當下就 orz 了一半，因為半年前才經歷過拼蛙骨，不管是喜歡還是不喜歡，絕對沒有人認為拼蛙骨不是什麼辛苦的難事。不過拼骨頭不是拼青蛙的，而是要拼魚、爬蟲、鳥類、和哺乳類的。聽來好像有點意思，我們青蛙的都拼過了，那麼拼這些更特別的動物的骨頭時會發生什麼特別的事呢？
　　我和虧哥挑到的是魚，用一隻吳郭魚來拼骨頭。一樣要把吳郭魚丟到燒杯裡去煮過（當然，要先把魚拆了，魚頭魚身分開才塞得下），可是吳郭魚實在是太大了，後來我是把魚包起來，帶回宿舍的洗衣區，借寬敞的洗手台之便，把骨頭一根一根一塊一塊裝進絞鍊袋。
　　
　　（拼吳郭魚前照的，左邊那是要拼烏龜的趴趴的手）
　　然後有兩天，全生科二年級的學生都沒有睡，因為不管是吳郭魚、烏龜、鴿子、還是老鼠，骨架的複雜程度遠超過青蛙。所以大家聚在自習室的公共空間為了拼骨頭同舟共濟。為了把這個標本做好，我還去買了黑色珍珠板回來當襯底，珍珠板滿大一塊，就三組人共同出錢共用。
　　吳郭魚的脊椎骨比青蛙多了好幾倍（默），更重要的是長得幾乎一模一樣，我花了好久才勉強對出不一定正確的順序，一一拿快乾膠黏牢。
　　 
　　（左：子時，脊椎骨終於拼好　；　右：凌晨約三四點終於把頭骨也裝上去了）
　　由於工程實在太浩大，於是採分工合作。我、虧哥、建宇負責幫眾人查圖譜辨識骨頭（雖然認個半天，有很多細小的骨頭還是霧煞煞），cell 和 Rance 提供了白膠與快乾膠給大家共用，趴趴和家煒則幫大家去摩奇地買飲料回來，好讓大家奮戰至深夜。那種互助奮鬥的精神，實在是很棒很值得懷念！
　　
　　後來，大家的標本都出來了。辛苦了三個禮拜，終於看到還算像樣的吳郭魚、烏龜、鴿子、老鼠，躺、或爬、或站在我們面前的時候，那種心中的成就感是沒有任何事物可以取代的。
　　 
　　（我和虧哥的吳郭魚，雖然拼得很不專業，老師第一眼就覺得奇怪 XD，後來猛一看，原來拼得像遠古活化石魚品種。頭骨上下顛倒一半，左右也顛倒一半）
　　
　　 
　　（KEYMAN 那組的烏龜）
　　 
　　（宜鑫和小美學姊的 Rat ，這就做得非常好了）
　　比解實驗是我大學生活中最快樂最充實的時光之一，因為對我來說，這種感覺，將我自己投身於這樣一個工作，永遠是值得的，不僅得到快樂，更有它的成就感在。拼骨頭是一個任務挑戰，完成以後則是一種永恆的榮耀（eternal glory），你看台灣有多少人在學生時代拼過青蛙 + 吳郭魚的骨頭？
　　拼骨頭並不是件簡單的事，一位生科系（生物系）學生的學生生涯中，也不會只有拼骨頭是難事，有些科目，像是分生、細生、有機，念起來也是很要人命。我一直覺得我最快樂最充實，最有學習回饋感的時光，是在大一和大二，大三開始只有爆肝、疲勞和耗竭的感覺（分生、生理、細生三大奪命主科，再加上之前沒過的有機、生統），一直是付出和回饋不成比例。生科系一開始的兩年，我的學習生涯很快樂，但是最近這後半的兩年，一直在跟這些分生、細生、有機之類的累人科目周旋，儘管分生和細生唸得還不錯，但我覺得已經沒有投身（devote to ）其中快樂的感覺，取而代之的是操勞以及灰心，油盡燈枯的感覺（burning myself）。

　　最近唸書唸累了，回去看以前的照片，真有說不出的感觸。最懷念的大概都是那些很重很辛苦的課程吧。像是生化、seminar、還有普生實驗的蛙骨......
　　　　普生實驗分上下兩學期，下學期的重頭戲就是拼蛙骨，有多重要？蛙骨交不出來就是整學期當掉。
　　兩人一組，分到一隻牛蛙，過量麻醉死亡後打開，要會認性別和器官。之後為了要取骨頭，要把所有器官和大部分的肌肉拿掉，把牛蛙放到燒杯裡去煮。此時的牛蛙就像在泡熱水澡一樣，也可以說是泡湯，因為煮著煮著就有青蛙湯的味道跑出來了（噁）.....也可以看到有人拿著牛蛙來作怪... =.=